「世界一の探偵になる！」その願いをかなえるべく、キュウが挑むのは、伝説の名探偵・団守彦(だんもりひこ)が主催する“探偵学園”の型破りな入学試験！　瞬間記憶能力者メグ、野生児キンタ、ＩＴ小僧カズマといった強力なライバルと共に、数々の超難解な謎を解き明かせ！　最高の探偵養成クラス「Ｑクラス」に入るために!!

超難関・探偵学園の最終入学試験のために、霧咲島(きりさきじま)に集まったキュウたち。だが伝説の殺人鬼「切り裂きジャック」の二重密室殺人そっくりそのままに、受験生のひとり・三郎丸(さぶろうまる)がまっぷたつの無惨な姿で発見された……。ＤＤＳ(ダン・ディテクティヴ・スクール)バッジの誇りにかけて、奇怪な謎を解き明かせ！　５人の若き探偵の推理チームがここに始動!!

探偵学園に初登校したキュウをはじめとするＱクラスの５人。さっそく団学園長から与えられた初任務、それは山奥の２つの村で起きる不可解な失踪事件――“神隠し”の謎を解くこと。村を訪れた５人は、旧日本軍の財宝伝説と、疫神教(えきしんきょう)という奇妙な宗教にまつわる不穏な噂を聞く。その矢先、“神隠し殺人”が発生!!

旧日本軍の暗号を解読し、「神隠し村」の秘密に迫るキュウたち。だがＱクラスを嘲笑うがごとく、第３の“神隠し殺人”が起き、しかも最有力容疑者の疫神教(えきしんきょう)教祖には、鉄壁のアリバイがあった。村を支配する「罪」と「嘘」が生み出した“神隠し”を可能にする壮大なトリックとは!?　キュウ渾身の推理が冴え渡る！

初任務完了後、平穏な学園生活に戻ると思いきや、キュウたちを待っていたのはハードな探偵修業の日々だった。団学園長自らが解決した過去の事件からの初宿題！　雪平(ゆきひら)をはじめ切れ者揃いのＡクラスとの“推理バトル”！　どちらもクリアしなければＱクラスには留まれない！　５人の探偵としての真価が問われる!?

ＤＤＳ(ダン・ディテクティヴ・スクール)に依頼が来た密室殺人事件を解明するため、映画祭に単身乗り込んだキュウ。そこでＡクラスの雪平(ゆきひら)と遭遇し、おあずけになっていた推理バトルの決着をつけることになった!!　しかし、捜査を進めるうちに見え隠れする邪悪な「影」。殺人事件を陰で操る犯罪組織『冥王星(めいおうせい)』が、ここでもＤＤＳに罠を仕掛ける……!!

インターネットで流れている、女子生徒の失踪にまつわる奇怪な殺人(スナッフ)ビデオの噂。その真偽を確かめるため、団探偵学園長はリュウとメグに名門進学校・渋澤学院への潜入捜査を命じた。だが殺人鬼「コレクター」が撮る、新たな殺人ビデオの犠牲者が……！　真の天才・天草流(あまくさリュウ)が精妙なアリバイトリックに挑む……!!

カズマが通う小学校で起きた、密室からの犯人消失!?　キンタとキュウが、犯人の鉄壁のアリバイを証言するハメに!?　メグをはじめとする美少女探偵トリオが、車内で犯人と危険な接近遭遇！　この世は事件がいっぱいで、Ｑクラスに休みはない!?　きらめく推理と鮮やかなコンビプレーでバラエティー豊かな謎を解け！

半年前に自殺した天才バイオリニスト・宝生美鶴(ほうしょうみつる)から脅迫状が届いた!?　その謎を解くべく、キュウたちは「幻奏館(げんそうかん)」に向かう。だが、九頭龍匠(くずりゅうたくみ)が作った幻のバイオリン「テスタ・ディ・ドラゴ」をめぐる連続殺人が発生！　地獄から甦った「冥界のマエストロ」の奏でる死の旋律――「悪魔のトリル」が嵐の山荘に鳴り響く……!!

巧妙なトリックが駆使された「幻奏館」連続殺人の真相に到達し、真犯人「冥界のマエストロ」を突き止めたキュウたち！　……が、同時に犯罪組織『冥王星』の罠が発動する!!　絶体絶命の危機を乗り越えようと奮闘するＱクラスに、新たな絆が生まれる！　そして明らかになる天草流の“逃れられない運命”とは……!?