新宿で体に穴が空いた後に宙に浮くという奇怪な現象が起こり、一人の男が死んだ。八年後、その男の息子である荒川ヨドミは元の日常を送れるようになっていたある日、父親宛に送られてきた箱を見つける。中身を確認すると突然意識を失い、目が覚めたヨドミはなぜか「透明人間」となる能力を得ると共に、言葉を話す頭蓋骨と出会う。自らを山本と名乗る頭蓋骨が発した言葉、「私が君の父親を死に追いやった」──少年の止まっていた時間が動き出す。