劣等生の兄と、優等生の妹が織りなすスクール・マギクス! 『九校戦』の"裏側"で起こった『パラサイドール』事件の黒幕の一人・周公瑾は、横浜から逃亡し、京都を中心とする古式魔法師集団「伝統派」の元に潜伏、姿をくらました。 そして二ヶ月が経ち――。 『全国高校生魔法学論文コンペティション』の季節がやってきた。 新京都国際会議場で開催される日本魔法協会主催『論文コンペ』の一高代表に選ばれた達也の許へ、四葉真夜の書状を携えた黒羽姉弟が訪れる。 手紙の内容は「周公瑾の捕縛に協力して欲しい」という要請だった。 何故、いつもの『命令』ではなく『依頼』だったのか疑問を覚えながらも、達也と深雪は「伝統派」の対抗勢力の中心である九島家を目指す。 そこで、二人は『作られた天才魔法師』との運命の出会いを果たし……。 古都を舞台とした謀略と暗闘。魔法師開発の歴史の裏で燻り続けてきた因縁に、達也と深雪とその仲間たちが挑む。