子供たちが“瞳（アイリス）”と呼ばれる特殊能力を当たり前に持つ世界。瞳を持たない水島透はふとしたことから佐々森小雪と知り合い、いろいろな事件に巻き込まれる。透は瞳を持たないがゆえに人の気持ちを想像し、真実を洞察しては事件の謎を次々解き明かしていく。そんな中、新たに“瞳狩り”という事件が学校中を震撼させる。事件の犯人にしたてあげられた透は、一体どう立ち向かうのか……？