二大殺し屋組織を相手どった終業式決戦を戦い抜いた3年4組。しかし孤堂惣慈という真の黒幕の存在と、更なる脅威「孤堂一家」を知るに至る。そして季節は夏休み。束の間の休息を楽しむ威吹荒邦だったが、直後、衝撃の事実が発覚する。かつて威吹が目撃した“裏切り者”からのメール、その送り主は首藤孔蘭ではなかった……。突如浮上した謎の人物“X”。そいつは、3年4組の中にいる――!!