Un jour, Hikaru, 11 ans, trouve dans une remise une vieille table de go. Soudain, de celle-ci surgit un fantôme qui y était enfermé : le fantôme de Saï Fujiwara, un génie du jeu de go à l'époque Heïan (VIIIe à XIIe siècle) qui s'introduit dans l'esprit de Hikaru. Acceptant de permettre à Saï de jouer au go contre quelqu'un, Hikaru fait la connaissance d'Akira Toya, fils du meilleur joueur japonais et promis lui aussi à un brillant avenir. La passion de Saï et d'Akira pour ce jeu entraîne peu à peu Hikaru dans le monde du go...

Hikaru cherche un troisième membre pour participer au tournoi en équipe inter-collège. Il trouve enfin un élève qui joue au go, Mitani Yuki, qui a la mauvaise habitude de gagner son argent de poche en trichant. Alors que Hikaru tente de le raisonner, celui-ci perd tout son argent contre un homme qui est lui aussi un tricheur. Grâce à Sai, Hikaru récupère l’argent de Mitani. En échange celui-ci accepte de faire parti du club de Go.

Hikaru profite des vacances d’été pour s’initier au go sur internet sous le pseudonyme de Sai. Il devient très vite un adversaire de renom. Akira, qui apprend l’existence de cet adversaire lui propose une partie, à la quelle il met vite un terme, pour relever le même défi plus tard. Pour cela il accepte de manquer le premier jour de l’examen professionnel.

Avec une recommandation du bras droit du père de Akira, Hikaru peut passer le concours d’entré à la Nihon ki-in. Et c’est sans l’aide de Sai qu’il intègre cette nouvelle école. Après des débuts laborieux, il commence petit à petit à progresser.

L’examen professionnel entre dans sa dernière phase. Les parties sont serrées et départagent ceux qui passent et ceux qui échouent. Hikaru joue contre son ami et rival Waya et ensuite contre Ochi, qui a reçu des cours de la part d’Akira...

Depuis que Hikaru est devenu insei, Waya s'est constamment comporté comme un grand frère avec lui en l'aidant à s'améliorer. De son côté, le talentueux Ochi continue son chemin. L'obectif de leur partie n'est pas seulement de réussir aux examens. Il s'agit désormais d'une bataille d'obstination et de fierté entre eux deux !

Désormais devenu professionnel, Hikaru entre vite dans le vif du sujet avec le début des Shin Shodan Series où il affronte déjà les meilleurs. Pour sa première confrontation, il joue contre le grand maître Koyo Toya, face à qui les choses n'évoluent pas bien. Saï Fujiwara va-t-il devoir se manifester ?!

Saï Fujiwara, le plus grand maître de go de l'époque de Heian, affronte sur Internet l'expert en la matière de l'époque moderne, Koyo Toya. La partie atteint des sommets, jusqu'au moment où le coup divin millénaire est finalement joué !!

Durant l'affrontement entre Saï Fujiwara, le grand maître de Shogi, et Koyo Toya, Hikaru parvient à apercevoir subrepticement à quoi ressemble le fameux coup divin. C'est alors que le sablier du destin se met en branle. "Je ne peux plus continuer à exister" semble avoir compris Saï. Quels seront les sentiments ressentis par le gran maître apres plus de mille ans d'existence?