裏切り者には死を。人類には淘汰を。 地上とは異なる生態系を持つ地下の巨大迷宮は『シンジケート』のエージェント養成所だった。 過去にそこから単身脱出したエリーを、かつての仲間たちは「裏切り者」と呼び、命をつけ狙う。 地球規模の大災害により各国政府が混乱する中、百合崎士堂博士の予言した終末が刻一刻と迫る。 不正コイル、回収屋、『アドラステア』…全ての要素がミラと『箱舟計画』に集束していく――!!