Mikan, dkk masih terus melanjutkan perjalanan mereka ke masa lalu. Kali ini, mereka bertemu Persona di masa kecil, dan mengetahui bagaimana kisah yang sebenarnya! Mulai dari kematian Izumi Yukihira, kepergian Yuka Azumi, serta apa saja yang telah dilakukan kepala sekolah SD!!