突然、世界各地に「霧の艦隊」と言われる謎の超兵器を搭載した戦艦群が出現。人類はその艦隊になす術無く敗戦し、海上に出る事が出来なくなった…。その海戦から17年後、何故か「霧」の潜水艦イ401に乗り込んだ千早群像とその仲間達は、イ401の人体化（メンタルモデル）のイオナと共に、霧の艦隊に戦いを挑む…。