Benny Baskara lahir di Yogyakarta, menamatkan pendidikan dasar dan menengah di kota yang sama. Melanjutkan jenjang pendidikan tinggi di Fakultas Filsafat UGM, lulus dan memperoleh gelar sarjana pada 2004. Di tahun itu pula ia hijrah ke Jakarta untuk menempuh Program Magister Filsafat Islam, kerja sama antara ICAS dan Universitas Paramadina. Setelah itu ia menempuh pendidikan ke jenjang tertinggi di Program Studi Agama dan Lintas Budaya, UGM, yang dikenal dengan Indonesian Consortium for Religious Studies (ICRS). Perkenalannya dengan orang-orang Bajo terjadi berkat hubungan yang terjalin cukup lama antara keluarga istrinya, Oce Astuti, dari Pulau Kaledupa, dengan orang-orang Bajo. Dari perkenalan itu, ia memutuskan untuk menyelami lebih jauh kehidupan mereka. Perjumpaannya dengan orang-orang Bajo begitu bermakna karena atas pertolongan seorang sanro, ia dan istrinya dikaruniai anak pertama yang jelita setelah cukup lama menikah. Islam Bajo adalah buku debutnya, yang diadaptasi dari disertasinya.