「捜シ者」との激闘を終え、平穏ながらどこか気の抜けた日々を送る大神にこれまで見たことの無いロストが起こる!! 他の「CODE:BREAKER」達もロストし、 さらに大型台風の到来とクラスメイトの訪問も重なって、大パニックの夜が始まる。だが全ては新たな敵への序章でしかなかった!!

左腕に宿った『コード:エンペラー』の魂が目覚めたために“エデン”から狙われる身となった大神に、かつての戦友「コード:ブレイカー」達が次々と襲いかかる! 刻と遊騎の襲撃をからくも逃れた大神だったが、その前に現れたのは八王子! さらに未知の敵が禍々しい力をふるい大神を追い詰める!!

Malgré le bras arraché par Yûki, Ôgami “revient” des enfers avec un pouvoir de plus : Belphégor, le feu incendiaire des limbes... et parvient à vaincre son adversaire. Mais on ne sait toujours pas qui est parmi les camarades de classe. Serait-ce Big-Sugi ?... Non il s’avère que c’est un re-code... Mais alors qui est ? Et comment Ôgami va-t-il pouvoir s’en sortir s’il doit affronter le puissant Heiké, un des membres fondateurs de l’Éden ?

大神と『エンペラー』が喚び出した『二色の冥府双灯火マモン』が百体に増えた平家を一掃! しかし、その代償は『エンペラー』の消失だった。深く眠る『エンペラー』を起こす手だてを見つけられない大神の前に現れたのはナゾの和装の美女! 桜が懐かしさをおぼえる、この女性の正体は‥‥!?

あおばに「対物時変」の異能をかけられ、記憶も姿も子供の姿に戻ってしまった大神。だが、幼き大神が怒りのままに喚び出したのは、強大なる7人の悪魔だった! 青年時の大神とは比べものにならぬほどの異能を持ち、命の大切さを説く幼き大神。はたしてどんな事件が彼を今のように変えたのか!? その始まりである「12月32日」の出来事が語られはじめる。

『12月32日』の真実を求め、4傑の元に向かう大神達一行。辿り着いたのはいつか訪れた墓地。そして墓碑に刻まれたのは『12月32日』の日付。それを見たとたん、いつとも知れぬ桜の記憶がよみがえり、同時に恐るべき能力が覚醒する! 異能を打ち消す力をまき散らし、暴走する桜を大神は止めることが出来るのか‥‥!?

大神と刻の死力を尽くした対決が決着。だが、その直後『コード:ネーム』が4人そろって大神達の前に出現。新たな炎を得た大神と虹次が立ち向かうが、大神と同じ七つの炎を操る仮面の『コード:ネーム』影炎の力で危機に陥る! 上杉の力でなんとか危機から逃れた大神達は『コード:ネーム』に対抗する力を得るべく輝望高校に伝わる秘密の儀式に挑む!!

高位の異能者となるため輝望祭の秘密の儀式に挑む大神達。大神が対決した己の分身が司るのは『傲慢』。そして、大神の分身がとった姿は、チビ神だった! チビ神が語る『大神がずっと抱えて来た苦しみ』とは!? 大神は、その苦しみを越え、地獄の七魔を駆使する自分の分身を倒すことが出来るのか!?

『12月32日』の真実を知るため、“エデン”に潜入した桜の片割れを連れ戻すため、“エデン”への秘密の通路を進む大神達。その前に現れたのは×印をつけられた子供、薄着の少女達、そして氷浸けにされた人々。重なる扉をくぐるたびに現れる凶悪卑劣な異能者と“エデン”の犠牲者達の姿に遊騎、大神、雪比奈の怒りが爆発する!!

桜子に斬られたことで、二人の小さな桜に分裂してしまった桜。そのうち“エデン”へ向かった小さな桜を追って、大神達は“エデン”の本拠地である裏の国会議事堂へたどり着く。そこで待ちかまえていたのは『コード:ネーム』と、彼ら直属の強力な異能者達! さらに冴親が、強大な力を持つダーク・サイドを顕現させ、大神達を追いつめる!

苛烈さを増す珍種達の攻撃。なす術のない状況で、冴親（さえちか）の捨て身の策が発動した！　崩れゆく“エデン”の本拠地から『コード：ブレイカー』達を逃がすため、桜子（さくらこ）、虹次（こうじ）、雪比奈（ゆきひな）の三人が珍種に立ち向かう!!　逃げ延びた渋谷（しぶや）荘で珍種への完敗に打ちひしがれる『コード：ブレイカー』達。復活のきっかけは？　そして珍種に対抗する術は見つかるのか!?

輝望高校に珍種たちが転校してきた! 早速動き始めた珍種たちは、5か所で大量殺人をすると予告。人々を試すため、凶悪犯罪者に死を与えるかどうか投票させる『天使の裁き』という残酷なゲームを始める。珍種の卑劣な企てを止めるため、大神と桜たちは輝望高校の体育祭で対決することに。自分たちより力で絶対的に勝る珍種に勝つための秘策とは‥‥!?

人類の大量虐殺を目論む珍種達の手によって200人もの凶悪犯罪者が渋谷の街に放たれた!! 大神達『コード:ブレイカー』が助けに向かえば、姿を一般市民にさらすことになる。そのせいで行動を封じられた大神達は、どんな決断を下すのか!? そして、対峙した『レゲエめがね』の口から語られる、大神が秘め続けた過去とは!?

珍種「レゲエめがね」との闘いを終え、一息ついたはずだった大神だが、七魔が暴走。さらに消えたと思っていた『エンペラー』が再び姿を現した! 『エンペラー』が大神たちに語り出したのは、珍種たちが不死になった秘密と、その秘密のカギを握る最後の4傑は死んでいるという衝撃の事実!! 驚く大神たちに『エンペラー』は、墓あばきをけしかけるが、最後の4傑を掘り出した途端、禍々しい力が大神たちを襲う!!

12月32日の真実を突き止めるため珍種達と闘う大神達は、4傑の一人、ゼドから彼等が不死だという秘密を聞かされ、その命を預かる。珍種達の命を還し、倒すための闘いの中で聞いたのは、12月32日を引き起こした黒幕は藤原総理であり、珍種達の真の目的が「パンドラの箱」だという真実だった!! 急ぎ藤原総理の元へ向かった大神達だったが、「パンドラの箱」から虚無化の力が溢れ出し‥‥!?

破壊の女王と化した桜が操る虚無化の力が世界を飲み込む!! 世界を救うか桜を救うか、選択を突きつけられる大神。終末迫るなか、向き合う大神と桜の運命は‥‥!? そして「パンドラの箱」から最後に現れた“輝望”とは‥‥!?