Gualdoni frequenta il Liceo Artistico di Busto Arsizio e la Scuola d'Arte del Castello Sforzesco di Milano. Nel 2000 è chiamato da Gabriele Clima, direttore artistico di Mediacomics, a prendere parte alla creazione di Armadel, il primo iperfumetto al mondo, ovvero un webcomics con collegamenti multimediali per testo e immagini. Oltre al gioco online legato a questo personaggio, Gualdoni scrive, in team con altri sceneggiatori, i primi 2 episodi intitolati Il respiro delle Stelle e Il re dei topi Nel 2001 dà vita al Settemondi Studio, gruppo di fumettisti e non solo, finalizzato alla creazione e alla promozione di progetti originali di serie a fumetti. Agli inizi del 2002 produce per la Francia per conto di Soleil Production la serie Akameshi, un fantasy che si svolge nel Giappone dell'era Edo, la cui realizzazione grafica è affidata a Stefano Turconi. Parallelamente, assieme a Matteo Piana e Davide Turotti, inizia il lavoro sulla saga L'Anello dei 7 Mondi (di cui sono usciti finora tre dei quattro volumi previsti), pubblicato da Les Humanoïdes Associés, e poco dopo Starlight, una serie di fantascienza comica ambientata in un futuro che si rifà nel designer allo stile pop anni settanta (con i disegni di Alberto Ponticelli e i colori di Davide Turotti). Tutte queste serie sono state ripubblicate anche in Italia dalle Edizioni BD. Dopo Starlight, Gualdoni produce Fantaghenna e Teknogeo, due altre serie per l’editrice francese Paquet, co-sceneggiate con Giustina Porcelli e disegnate rispettivamente da Stefano Turconi e Gianfranco Enrietto. Queste serie sono state pubblicate a puntate anche in Italia sul magazine Brand New! edito da Free Books. Nel 2010 Fantaghenna è stato poi ristampato in albo cartonato dalla stessa Free Books. Il progetto più importante di Gualdoni è Wondercity, Il Collegio delle Meraviglie, una serie realizzata da uno staff che riunisce alcuni tra i migliori autori della Walt Disney Italia e i coloristi dello Studio Tenderini. Il lavoro è stato pubblicato a livello internazionale, Italia compresa, dalle edizioni Free Books in uscite bimestrali. Sempre da un’idea di Giovanni Gualdoni nel 2006 viene realizzata la serie Dr. Voodoo, con matite e pennelli di Luigi Cavenago, sempre per le edizioni Free Books. Lo stesso anno Gualdoni firma la sceneggiatura dell’episodio 47 della serie John Doe, intitolato Cosa sarebbe successo se.... Dalla fine del 2006 Gualdoni lavora come redattore per Sergio Bonelli Editore, per il quale ha realizzato diversi episodi di Dylan Dog tra cui alcuni per la nuova collana Dylan Dog Color Fest. Nel 2007 una collaborazione tra Gualdoni e lo sceneggiatore Marco Belli ha portato alla realizzazione della saga in due volumi L'Ultima notte, su disegni di Werner Maresta e colori di Donatella Melchionno. Nel 2008 Gualdoni e Chiara Caccivio hanno pubblicato il loro primo libro di letteratura per ragazzi, Rumbler, Il segreto del Qwid, edito da De Agostini. Da gennaio del 2010 fino al maggio 2013 Gualdoni sostituisce Mauro Marcheselli come nuovo curatore di Dylan Dog, ruolo poi assunto a partire da settembre 2013 da Roberto Recchioni.