À 34 ans, Jin Minakata est le responsable de la section neurochirurgie du CHU de Tôto. Tout bascule le soir où un patient hors du commun arrive alors qu’il est de garde. Tandis qu’il l’examine et le soigne, Jin découvre un phénomène étrange. L\\'homme est doté d’un foetus humain dans la tête. Après avoir l’en avoir extrait, Jin commence à entendre une voix dans la sienne. Jusqu’au moment où, en chutant dans l’escalier du bâtiment, Jin atterrit au milieu de la forêt ! En cherchant son chemin au plus profond de la nuit, il tombe sur une bande de samurai en plein combat !!

Peu à peu, Jin arrive enfi n à s’intégrer dans ce nouveau monde. La population a fi ni par s’habituer aux étranges coutumes et méthodes de ce médecin si particulier. Il intervient désormais auprès de tous et toutes, que ce soit pour aider un acteur kabuki à terminer sa carrière en beauté ou relancer celle d’un lutteur sumo blessé au coude !

Disparaissant en pleine opération, Jin se retrouve projeté à nouveau dans son époque un court instant, le temps de contempler le chemin parcouru pour en arriver là. Mais ce délai est suffi sant pour avoir des conséquences désastreuses sur l'intervention qu'il pratiquait. Bien que revenant en pleine possession de ses moyens, il ne peut rien pour sauver sa jeune patiente !

En visite à Nagasaki pour un exposé sur la pénicilline, Jin y retrouve chez Gruber Ryuma, son ami samurai forte tête pour un dîner en bonne compagnie. Mais soudain, durant la soirée, Shusuke – un samurai de Shochu - pointe son katana sur Ryuma, bien déterminé à l'occire !