火神大我が入学先の誠凛高校バスケ部で出会ったのは、黒子テツヤという超地味な少年。存在感も無さ過ぎる黒子に幻滅する火神だったが、実は彼は「キセキの世代」と言われた伝説の最強チームのメンバーで…！？

黒子ら誠凛高校と、「キセキの世代」の一人・黄瀬を擁する海常高校との練習試合。黒子と火神で黄瀬を封じるが、接触事故で黒子がベンチへ…。黒子が欠けた中、二年が活躍するも点差は縮まらない。その時…！？

I・H予選を順調に勝ち進む誠凛高校。だが、決勝リーグ進出には一日二連戦で北の王者・正邦高校、「キセキの世代」緑間がいる東の王者・秀徳高校を倒す必要が！！　初戦、正邦に勝つための、黒子たちの作戦とは！？

Aブロックの決勝開始！　誠凛は、「キセキの世代」のNo．1シューター・緑間を擁する秀徳に、第1Q中盤、3Pで先制される。頼みの黒子も封じられ為す術を失うが、更に信じ難い緑間の長距離弾道3Pが誠凛を襲う！！

決勝リーグ進出をかけ、緑間を擁する秀徳に挑んだ誠凛。火神のおかげで勢いにのるが、勝負の行方は！？　そして、戦いを終えた誠凛バスケ部の前に、黒子の中学時代の仲間が現れた。黒子の知られざる過去とは！？

ついに、決勝リーグが始まった！！　「キセキの世代」のエース・青峰を擁する桐皇学園に挑む誠凛。火神と共に流れにのろうとするが、点差をつけられたままハーフタイムへ。後半、黒子が青峰に全ての力をぶつけるが！？

決勝リーグ敗退のダメージが抜けない誠凛高校面々のもとに、バスケ部を創った男、木吉鉄平が戻ってきた。鉄平を迎え心機一転、WCを目指す誠凛は合宿へ突入。一方、黒子は自分のプレイスタイルを思い悩み…。

Once upon a time, the basketball team of Teikō Middle School rose to distinction by demolishing all competition. The regulars of this team became known as the "Generation of Miracles". After graduating from middle school, these five stars went to different high schools with top basketball teams. However, a fact few know is that there was another player of the "Generation of Miracles", the phantom sixth player. This mysterious player is now a freshman at Seirin High, a new school with a powerful, if little-known, team. Now, Tetsuya Kuroko, the sixth member of the "Generation of Miracles", and Kagami, a naturally talented player who spent most of middle school in America, are aiming to bring Seirin to the top of Japan, taking on Kuroko's old teammates one by one.

I・H、準々決勝戦。桐皇の青峰に挑む海常の黄瀬は、ついに青峰のプレイを模倣し、桐皇に迫る。一方、青峰は4ファウルで窮地に。「キセキの世代」対決の決着は！？　SB大会に出た黒子と火神。そこで出会ったのは！？

ついに始まったワールドカップ予選。インターハイ予選の上位陣がひしめく中、木吉復活の新生・誠凛始動!! リーグ戦前の4校を絞る戦いで、丞成と対戦する誠凛だが、火神が封じられ…。一方、緑間のいる秀徳はリーグ戦に駒を進め…。

ウィンターカップ予選リーグ、誠凛VS秀徳戦。リベンジに向け意気込む秀徳・緑間の活躍で、誠凛は苦戦を強いられていた。しかし、黒子の必殺ドライブ炸裂により、点差を縮めていく。試合後半残り5秒、黒子のパスが木吉に渡り…!!

誠凛VS霧崎第一、ウィンターカップ出場を賭けた最終対決が開始。一年前、卑怯なプレイで木吉の膝を負傷させた霧崎第一だが、今年もその攻撃の手は止まらず…。憤りを隠せない誠凛メンバーを前に、木吉はある決意を固める!!

ウィンターカップ出場を決めた誠凛! 大会を控え、休息のため訪れた温泉で、青峰ら桐皇学園のメンバーと遭遇。黒子達は彼らから、誠凛のウィンターカップ初戦の相手が桐皇であることを知らされる! 風雲急を告げる大会の幕が開く!!

VS桐皇序盤戦、不可侵のシュートを身に付けた日向と桐皇桜井の意地の3Pシュートの応酬へ。第2Q、黒子は消えるドライブで再び青峰に挑む。だが青峰には作戦が!? 桐皇対誠凛、勝負の行方は運命の後半戦へ!!

対桐皇戦第3Q、桃井の策で黒子に徹底マークが付けられた誠凛。黒子の視線誘導が無効化、更に青峰の底知れぬ実力で点差は開いていく…。勝機を失ったかに思えた誠凛だが、黒子の最終切り札に全てを託し…!!

運命の第4Qを迎えた対桐皇戦。100%の力を発揮する『ゾーン』に入った青峰を追って、火神も『ゾーン』に突入する。二人のエースの真剣勝負は、残り60秒を切った時に思わぬ結末が…。果たして勝利するのは!?

準々決勝へと進んだ誠凛を待ち受けていたのは、絶対防御によって零封を続ける陽泉だった。黒子たちの攻撃は陽泉の盾を突破できるのか!? そして兄と慕う氷室に、火神は立ち向かえるのか!? 今、試合開始!!

陽泉の絶対防御をこじ開け、じわじわと追い上げる誠凛! しかし木吉の消耗は激しく、疲労は隠せない…。そして、紫原がついに攻撃に参加する。圧倒的な破壊力で誠凛コートを蹂躙する紫原に、黒子達は…!?

紫原や氷室がいる陽泉に苦戦する誠凛。だが黄瀬の一言から、ようやくゾーンに入った火神が、氷室の陽炎のシュートと紫原を止める! 一方、紫原も氷室の言葉で本気を出し!? 準々決勝誠凛VS陽泉ついに決着!!

準決勝に勝ち進んだ誠凛。黄瀬の海常VS元「キセキの世代」・灰崎率いる福田総合の勝者が次の誠凛の対戦相手に。灰崎は、黄瀬が一度も勝てなかった因縁の相手。その灰崎に技を奪われ苦戦するが、新たな技を見せ!?

洛山対秀徳戦。「キセキの世代」赤司と緑間の対決、ついに決着が!! 一方誠凛は黄瀬を擁する海常と対戦する。開始早々黒子の消えるドライブや幻影のシュートが炸裂するが、黄瀬も完全無欠の模倣を出してきて!?

エース対決で白熱する誠凛対海常。だが、足の怪我で黄瀬はまさかの選手交代に! 黄瀬を欠いた海常との戦いは、誠凛有利と皆が思う中、今度は黒子の幻影のシュートが破られて…。まだまだ気が抜けない準決勝!!

誠凛先行で進む準決勝海常戦。だが再び出てきた黄瀬の完全無欠の模倣により逆転されて窮地に陥る。試合終了目前に黄瀬を止めるために黒子達がとった作戦とは！？　そして誠凛対海常戦が決着。決勝戦へ進むのは！？

誠凛メンバーに、黒子が語る「キセキの世代」の帝光中学時代。念願の一軍となった黒子は、他のメンバーに6人目の男として信頼されていく。そして成長する「キセキの世代」の面々。だがそれはいいことばかりでなく…。

全中二連覇を達成させ、2年になり才能を開花させる「キセキの世代」。だが周りとの力の差から亀裂が生まれていく。そんな中、紫原との対決で赤司も覚醒する。その覚醒が帝光中バスケ部崩壊をさらに進めていき…。

帝光時代に起こった悲しい過去。そのすべてをメンバーに語った黒子。真実を知り誠凛バスケ部はさらなる絆を深める。そしてそれぞれの想いを胸に、今夜、新星・誠凛と皇帝・洛山、WC決勝戦が幕を開ける─！！

洛山とのWC決勝戦で黒子破れる!? 今までの勝利の代償として、特性を失ってしまった黒子。不利な状況の誠凛をさらに洛山最後のメンバー・黛千尋が襲う。彼の正体は黒子と同じ特性を持つ新型の幻の6人目で!?

25点差で始まる洛山VS誠凜戦、第3Q。絶体絶命のピンチの中、日向に4つ目のファールが!?　誠凜は要を失い、窮地に。だが熱い思いを胸に黒子がコートに立つ。特性（かげのうすさ）という武器を失った彼に勝算はあるか!?

伊月の活躍で善戦するも、まだ大差で負けている誠凛は最後の第4Qに突入する。小金井のプレイで攻略の糸口を見つけた日向は再度実渕に挑む！！　日向のプレイで勢い付く誠凛。そこで、ついに赤司が動き出す！！

擬似的な「天帝の眼」で赤司に一矢報いた黒子！！　勢いを盛り返した誠凛は、洛山に1ゴール差まで迫る。一方、初めての敗北を味わう赤司に変化が現れ…？　WC決勝戦終盤、誠凛は優勝を手にすることができるか！？