XVIème siècle. Des quatre coins de l'Europe, de gigantesques voiliers partent à la conquête du nouveau monde. À bord de ces navires, des hommes avides de rêves et d'aventures. La promesse de terres lointaines, peuplées de légendes et de richesses, attise toutes les convoitises. Esteban, jeune orphelin de Barcelone, embarque dans un de ces navires à la recherche de son père. Son chemin va croiser celui de Zia, une jeune Inca, ainsi que celui de Tao, dernier descendant de l'empire de MU. Accompagnés du mystérieux Mendoza et de ses deux acolytes, Sancho et Pedro, ils s'engagent dans une aventure périlleuse à la recherche des mystérieuses Cités d'Or !

Parvenus sur le Nouveau Continent, Esteban et ses amis sont malencontreusement capturés par les hommes de Pizarro. Le gouverneur somme Zia de lui déchiffrer un quipu d’or pour trouver l’emplacement des Cités d’Or. Mendoza propose de la faire parler. Mais cette nouvelle ruse de ce navigateur mystérieux permet à Esteban et ses compagnons d’échapper aux soldats espagnols et de regagner leur navire, le Solaris. En guise de représailles, les Espagnols décident d’attaquer le village des Incas ! Dans le même temps, le navire de Gomez et Gaspard se rapproche dangereusement… Une bataille navale de légende s’apprête à faire gronder les canons !

Au grand complet, Estaban, Tao, Zia, Pedro, Sancho et Mendoza s'envolent à bord du majestueuxGrand Condor en direction du pays Maya. Les enfants espèrent y retrouver la trace du père de Zia tandis que les adultes rêvent d'y découvrir une Cité d'Or… C'est alors que l'imposant Condor plonge brusquement vers le sol, avant d'atterrir au milieu d'une sombre caverne. Elle conduit l'équipage au milieu d'une cité maya laissée à l'abandon. Mais à peine ont-ils fait la découverte d'un mystérieux manuscrit que surgissent deux autres chasseurs d'or : Marinche et le docteur Laguerra, fermement décidés à ne pas les laisser s'échapper.

En pénétrant à l'intérieur du Bouclier Fumant, nos héros espéraient enfin y découvrir une Cité d'or, mais les voilà plongés au cœur d'une mystérieuse civilisation ! Rapidement repérés et capturés par ces hommes étranges nommés « Olmèques », les enfants sont ensuite présentés à leur chef, Menator. En vue d'un sombre dessein, il est lui aussi à la recherche des Cités d'or... La ruse et l'habilité de Mendoza permettent finalement à la troupe de s'échapper, entraînant avec eux une jeune captive maya, Maïna. Mais les Olmèques sont redoutables, et leur réactivité inouïe, et le groupe est rapidement cernés par ces guerriers hors du commun...

La détermination de Viracocha a payé : toutes les tribus mayas qui vivaient dans la terreur des Olmèques ont finalement pris les armes pour se soulever à ses côtés. La guerre est sur le point d'éclater ! Fermement décidés à aider leurs amis, Esteban, Zia et Tao ont transformé le Grand Condor en arme aérienne tandis qu'au sol, Mendoza a déployé son talent de stratège pour bâtir des tours de sièges. Face à cela, Ménator et Calmèque semblent prêts à employer tous les moyens pour l'emporter et être les premiers à mettre la main sur les Cités d'Or... Mais c'est compter sans l'intervention du mystérieux gardien des Cités, un homme à l'identité méconnue qui semble lié de près au destin des enfants...