Akademi Cilik merupakan sebuah program yang menyatukan sekumpulan anak-anak pintar di sebuah pulau. Pulau Bakau yang terlindung daripada pencemaran luar disebabkan oleh teknologi alam semula jadi, iaitu Rhizophora. Pasangan kembar, Awa dan Aya terpilih untuk menyertai program tersebut bersama teman baik mereka, Mavithra. Satu per satu kejadian aneh mula terjadi di atas pulau itu. Termasuk peristiwa mengagumkan, ngeri dan menyayat hati. Mampukah pasangan kembar itu dan teman-temannya merungkai misteri Pulau Bakau dan melindungi Rhizophora? Meskipun mereka hanyalah anak-anak lepasan sekolah rendah.