ハリーは霧の中に歩み出た。愛娘シェリルと訪れた街、サイレントヒル。楽しい休暇になるはずだった。道中で事故に遭うまでは…。気づけば姿を消していたシェリルを探す最中に、迷い込んだ路地で現実にあらざるバケモノに襲われ、目覚めた直後から、恐怖の街がハリーを飲み込んでいく。不条理な霧と闇が入れ替わる孤立した世界、次々と現れるバケモノ、不可解な教団の存在…。ハリーは、無事シェリルを救い出すことができるのだろうか。