一九六六年生於長崎縣諫早市，畢業於筑波大學。曾任職商社、旅行代理店。以業餘作家身分寫作投稿。 二〇〇〇年發表《凌晨三點的空宅》（午前三時のルースター），榮獲「三多利讀者選書獎」及「三多利推理小說獎」。其後垣根打破傳統小說框架套路，用細膩的筆觸勾畫出長篇小說《野性的靈魂》（ワイルド・ソウル），「將現實與回憶巧妙地結合在一起，一幕幕血性兒女的影像活生生展現在讀者面前」。二〇〇四年，憑藉《野性的靈魂》，垣根涼介同時獲得「大藪春獎彥」、「吉川英治文學新人獎」及「日本推理作家協會獎」三大文學獎項，成爲日本文學史上首次以一部作品獲得三項大獎的「耀眼新星」。二〇〇五年《炒魷魚株式會社》（君たちに明日はない）榮獲「山本周五郎獎」。