With the highest kaiju\-emergence rates in the world, Japan is no stranger to attack by deadly monsters. Enter the Japan Defense Force, a military organization tasked with the neutralization of kaiju. Kafka Hibino, a kaiju\-corpse cleanup man, has always dreamed of joining the force. But when he gets another shot at achieving his childhood dream, he undergoes an unexpected transformation. How can he fight kaiju now that he’s become one himself?! Kafka hopes to one day keep his pact with his childhood friend Mina to join the Japan Defense Force and fight by her side. But while she’s out neutralizing kaiju as Third Division captain, Kafka is stuck cleaning up the aftermath of her battles. When a sudden rule change makes Kafka eligible for the Defense Force, he decides to try out for the squad once more. There’s just one problem—he’s made the Defense Force’s neutralization list under the code name Kaiju No. 8\.

With the highest kaiju-emergence rates in the world, Japan is no stranger to attack by deadly monsters. Enter the Japan Defense Force, a military organization tasked with the neutralization of kaiju. Kafka Hibino, a kaiju-corpse cleanup man, has always dreamed of joining the force. But when he gets another shot at achieving his childhood dream, he undergoes an unexpected transformation. How can he fight kaiju now that he’s become one himself?! The final test of the Defense Force has come to an end, but the examinees’ challenges aren’t over yet. A mysterious humanoid kaiju revives a neutralized honju and sics it on Kikoru Shinomiya. Just when Kikoru seems to be at the end of her rope, Kafka rushes to her defense! But what is the humanoid kaiju’s goal?

防衛隊員、市川・古橋を助ける為、怪獣に変身したカフカは、圧倒的な力で人型怪獣を叩きのめす。だが止めを刺す時、防衛隊員たちに発見され、人型怪獣に逃げられてしまう。目的を果たしたカフカが現場から離脱しようとした時、そこに保科副隊長の姿が…!?　──動乱極まる、第三巻!!

防衛隊立川基地が怪獣の群に空から襲われたが、隊員たちの尽力により余獣たちを退け始める。一方保科は、戦力全解放して大怪獣に応戦。決着がついたかに思われたが、大怪獣に変化が…!?　そしてカフカの察知能力も「それ」に反応。そこに現れたのは…!?　──“脅威”が続く、第四巻!!

その身柄を、防衛隊に拘束された日比野カフカ。そして防衛隊史上最強と謳われ、大怪獣2号の力を携えた四ノ宮長官により、カフカの処理が始まった。一方「人」であると主張するカフカは長官に応戦するも、怪獣8号の身体が制御不能になり…!?　──己を律する、第五巻!!

怪獣9号と遭遇した日比野カフカだったが変身できずピンチに。そこに現れた四ノ宮キコルと共同で怪獣9号と対峙するが、変身出来ない理由はカフカ自身の怖れによることだと悟る。一方、鳴海隊長の前にも現れた怪獣9号は、戦いの中で進化して…!? ──仲間を信じる、第六巻!!

防衛隊長官・四ノ宮功が持つ、怪獣2号の力を奪いに来た怪獣9号。死闘の末9号を追い詰めた功だが、最後は力尽き2号の力を奪われてしまう。そして、長官を倒し融合した怪獣9号は、その現場に到着したカフカ・キコル・鳴海を相手に戦うのだが…!?　──非情が漂う、第七巻!!

識別怪獣兵器を使いこなすため、訓練を続ける市川レノ。怪獣討伐で、その成果を見せるテストが始まった。一方、レノの成長を目の当たりにした伊春は、自身の成績の伸び悩みに複雑な想いを抱く。そんな二人は怪獣討伐に挑むが、レノに異変が!?　──希望を見出す、第八巻!!

史上初、6号の適合者となり訓練する市川レノ。そしてカフカは、保科から隊式格闘術を教わり、努力を続けていた。さらに防衛隊は、9号災害を予測し、各部隊の準備を進める。一方、鳴海はキコルに母の形見・識別怪獣兵器4号を使えるよう指示を出す。――次世代が動き出す、第九巻!!

識別怪獣兵器10号を装備して、群発災害に対応する保科。史上初、意思を持つ怪獣兵器との実戦は困難を極めるが、保科の機転で攻勢に転ずる。一方、カフカのいる大泉エリアでは6体もの超大型怪獣が出現し、戦況は悪化していく。そこに思わぬ援護が…!? ──9号の思惑が交錯する、第十巻!!

9号が作り出した5体の識別クラス怪獣が東方師団エリアに集結。防衛隊の主力を抹殺するため設計された識別怪獣に、苦戦を強いられる各隊長。その脅威は、東雲小隊長にも…。一方カフカは、戦いの前キコルと一つの約束を交わす。それは…!?　──己の信念を貫く、第十一巻!!

識別クラス怪獣に襲われた東方師団エリア。鳴海とキコルは各個に撃破するも、保科の対戦相手は試作品・10号の完成品・11号。さらに保科が装着する識別怪獣兵器は、解放戦力が83％以上にならず苦戦を強いられ!?　──想定を超えた、第十二巻!!

立川に発生した怪獣9号の手中に落ちた亜白ミナ。救出に向かいたいカフカだが、都内の複数箇所に現れた大怪獣たちが行手を阻む。そんな状況の中、新たな怪獣反応を感じたカフカの前に現れたのは──!?　──新世代が動く、第十三巻!!

新世代たちの奮闘により亜白ミナを救い出したカフカは、対怪獣9号用に防衛隊式格闘術の技をさらに昇華。しかし、その格闘術を熟知した四ノ宮功を取り込んだ怪獣9号に通用するのか!?　──脅威と希望の、第十四巻!!