On vuosi 2030! 3. maailmansota alkoi 1992 kun uudentyyppinen pommi räjähti Japanin yllä. Nyt, vihdoinkin maailma on toipumassa. Mutta Neo-Tokiossa, lähellä alkuperäisen räjähdyksen nollapistettä tapahtuu outoja. Nuori ja levoton Kaneda on törmätä lapseen moottoritiellä. Lapseen, jolla on vanhan miehen kasvot ja yli-inhimiliset psyykkiset voimat. Lapsi on ennen kohtalokkaista tapahtumista, jotka imaisevat Kanedan mukaansa salaisten voimien väliseen kamppailuun. Uskonnolliset lahkot, vallankumoukselliset voimat ja nuorisojengit ovat päässeet mystisen Akiran jäljille ja ajojahti on käynnistynyt. Gyrogeenisessä säiliössä 30 vuotta olleen Aikran salaisuuden tuntevat vain armeijan salaisimmat erikoisjoukot ja muusta maailmasta eristetyt telepaatit. Kuka hallitsee lopulta Akiran infernaalista voimaa ja millä hinnalla?

Uusi voima etenee läpi kolmannen maailmansodan jälkeisen Neo-Tokion. Salaisen hallituksen elin on nimennyt tämän voiman Numero 41:ksi. Aikanaan hän oli moottoripyöräjengin jäsen nimeltä Tetsuo, mutta outo onnettomuus johdatti hänet hallituksen käsiin ja jätti hänet - muuttuneeksi. Valta kasvaa Tetsuossa ja antaa hänelle mahdollisuuden tappaa silmänräpäyksessä. Väkivaltaisesti. Tuhoavasti. Mutta valta myös turmelee. Se käännyttää hänet parasta ystäväänsä Kanedaa vastaan. Se ajaa hänet murhanhimoisen Klovni-jengin pariin, jotka ovat hänen entisten ystäviensä katkeria vihollisia. Kasvavista voimistaan huolimatta Tetsuo on silti varjo vain jostain suuremmasta, joka on tulossa, nukkuvasta jättiläisestä nimeltään... AKIRA.

Yhdessä 2000-luvun Neo-Tokion mahtavassa kaupungin tornitalossa hallitus puuhailee salaisen ohjelman kimpussa. Siellä kokoontuu epämääräinen joukko yksilöitä. Kaikkein häilyväisin heistä on Tetsuo, kiusattu, murhaavan yliluonnollisia voimia omaava rikollinen. Ohjelman pääjehu, Eversti, toivoo että Tetsuota voitaisiin käyttää vastustamaan jopa vielä suurempaa uhkaa... vielä uinuvaa paranormaalia jättiläistä AKIRAA. Mutta ohjelman kolme mutanttia lasta pitävät Tetsuon läsnäoloa uhkaavana. Ja siellä olevat kaksi vankia - hallituksen vastainen agentti, Kay, ja Tetsuon entinen ystävä, Kaneda - tekisivät mitä vain estääkseen Tetsuota päästämästä voimiaan uudelleen irti. Kaikki nämä yksilöt ovat kuolettavan tapahtumaketjun vankeja, pelaajia koko maailmaa järisyttävässä tapahtumassa.

Nuori Tetsuo, tappaja jolla on mahtavia psyykkisiä kykyjä, vaeltaa vapaana Neo-Tokiossa vuonna 2030. Hän on paennut hallituksen salaisesta laboratoriosta saatuaan tietää, että on olemassa joku, jonka yliluonnolliset voimat ylittävät jopa hänen omansa… AKIRA. Puolivalmiin olympiastadionin alla nukkuu Akira, rauhallista ja tietämätöntä unta - samalla kun kaupungissa taistellaan hänen tulevaisuutensa hallitsemisesta.

Salaisen sotilassatelliitin Solin helvetillinen lasertykitys on tehnyt Tetsuosta (nro. 41) yksikätisen. Kaneda ja Kay välttyvät niukin naukin jäätymästä kuoliaiksi salaisen tukikohdan maanalaisessa absoluuttisen nollapisteen elvytyshuoneessa, ja pelastavat vahingossa mystisen pojan, jonka kämmenselkään on polttomerkitty numero 28. Paluun tehnyt AKIRA saa kannoilleen Kanedan ja Kayn toimesta eversti Nezun alaiset sissijoukot ja eliittiarmeijan. Kuka tulee hallitsemaan AKIRAA? Akira, ainoa vastaus näihin kysymyksiin, makaa yhä Kanedan ja Kayn huostassa.

Neo-Tokio on jälleen raunioina. AKIRA ja Tetsuo apureineen hallitsevat kaupungin rippeitä. Ulkopuoliset voimat uhkaavat kuitenkin Akiran ylivaltaa. Vastassa on salaperäinen Lady Miyako, Akiran kasvattitoveri…...