År 1391 reser den unga borgarhustrun Anne Persdotter från Lübeck till sin barndomsstad Stockholm. Anne väntar sitt första barn, och tillsammans med sin make hoppas hon börja ett nytt liv.Drömmarna slås i spillror när det gamla Hansaskeppet förliser. Som enda överlevande räddas hon i land i skärgården av ett fiskarpar, men hon inser snart att hon svävar i fara. Hon flyr in till staden, där hon föder en dotter och förtvivlad får beskedet att barnet inte lever.Anne måste nu bygga upp en egen tillvaro. Stockholm är en osäker plats, inte minst för en ensam kvinna, och hon måste hela tiden vara på sin vakt mot personer som vill henne illa. men Anne låter sig inte kuvas, hennes vilja är starkare än sorgen och rädslan. För första gången möter hon kärleken, och hon får arbete hos den stilige, tyske köpmannen Alf. Och när förföljarna närmar sig och Stockholm skakas av fiendens grymheter gör Anne allt för att överleva.Brännmärkt utspelar sig vid tiden för de så kallade Käpplingemorden, en sann men relativt okänd händelse som i dramatik och grymhet mycket väl kan jämföras med Stockholms blodbad.

Året är 1392. Den unga änkan Anne driver framgångsrikt det handelshus där hon tidigare var anställd. Samtidigt sprider sig skräcken i Stockholm. Vitaliebröderna, sjörövarna från Östersjön, styr staden. Och de är ute efter Anne och hennes tillgångar. Med fara för livet lyckas hon fly, och tillsammans med sin lilla dotter slår hon sig ned i sin gamla hemstad Lübeck. Men snart tvingas hon inse att inte heller här kan hon vara trygg. Hon förs ut på långväga äventyr över haven, och gång på gång sätts hennes list och starka vilja på prov.