Après avoir longuement bataillé lors du tournoi de repêchage de la zone est du Japon, l’ISS part pour Kyoto, théâtre du tournoi national regroupant les meilleurs collèges du pays. À son arrivée, Tom tombe inopinément sur Kaoru, l’entraîneur d’échecs, venu assister au tournoi pour voir évoluer d’anciens élèves. Garry Kasparov, quand à lui, se rend également sur place pour repérer d’éventuels jeunes talents pour son « Project T ». Le tirage au sort des poules débute. Tom devra à nouveau surmonter ses démons pour progresser et faire face à son terrible adversaire.