立場が逆転したボルトとカワキ。ボルトがナルトを殺した反逆者として追われて3年、木ノ葉隠れの里をコードと「爪アカ」が急襲、サラダ達が対応に追われる最中、成長したボルトが現れ!? 運命の渦が再び動く!!

ボルトとカワキの立場が逆転した「大異変」から3年。コードが操る十尾が自我を持つ「神樹」へと進化し、世界の新たな脅威に！　サスケも「木」に取り込まれて…。再び里に戻ったボルトだが、そこにミツキの急襲が…!?

木ノ葉の里に襲来した神樹の十羅と左。ヒマワリを喰わんとする十羅に猪鹿蝶の第十班が抗う最中、ヒマワリの中の「九尾」が目覚めて…。一方、左もサラダと遭遇、戦闘が勃発。木ノ葉の窮地にボルトとカワキは!?

十羅の魔弾に倒れたボルトは、果心居士との過去を回想。居士が語った衝撃の未来とは!? そしてボルトが木ノ葉に捕らえられ激しい尋問を受けている最中、砂の里から異変の報が! 新たな人神樹が発生して…!?