En la escuela de Conan Edogawa están sucediendo cosas extrañas. Se dice que por la noche el maniquí de la clase de biología anda solo por los pasillos, y que se han escuchado ruidos muy extraños. Además, uno de los profesores hace días que no aparece y nadie sabe nada de él. Conan, aunque incrédulo, decide investigar, pero no consigue sacarse de encima a sus tres compañeros de Los Jóvenes Detectives. Todos juntos entran por la noche en la escuela para investigar, y en efecto van viendo cosas que se salen de lo normal. A pesar de su miedo, acabarán por descubrir la verdad.