Kaito Kid si pencuri misterius mengincar Telur Faberge yang tengah dipamerkan. Pada surat pemberitahuan, dia menyebut dirinya Penyihir Akhir Abad. Tentu saja Conan juga ikut mengejar. Tetapi, Kid yang tengah melarikan diri itu ditembak oleh seseorang dan menghilang. Misteri Telur Faberge membawa Conan dan kawan-kawan ke puri yang dibangun Kousaka Kiichi, orang Jepang yang pernah bekerja pada Faberge dan diduga pembuat telur kenangan. Misteri yang tersimpan dalam telur yang ingin dicuri Kid ini akan menguak tabir misteri sejarah.