José Watanabe ha publicado cinco poemarios hasta hoy: Album de familia, El huso de la palabra, Historia Natural, Cosas del cuerpo y Habitó entre nosotros. Entre las antologías que recogen su obra, destacamos El guardián del hielo, publicada por el Grupo Editorial Norma, y Path through the canefields, publicada en lengua inglesa. Para el teatro, escribió el guión de Antígona, en una personalísima versión de la clásica tragedia de Sófocles puesta en escena por el grupo deteatro "Yuyachkani". Escribió también el guión de películas como La ciudad y los perros, dirigida por Francisco Lombardi, una adaptación de la primera novela de Mario Vargas Llosa; Maruja en el infierno, también de Francisco Lombardi, basada en la novela No una sino muchas muertes de Enrique Congrains; Alias la gringa, de Alberto Durant, película basada en un delincuente que se hizo conocido por su habilidad para escapar de las cárceles peruanas; y Reportaje a la muerte, dirigida por Danny Gavidia, basada en un dramático motín en la cárcel limeña El Sexto. Watanabe es coautor de La memoria del ojo: Cien años de presencia japonesa en el Perú, un extraordinario documento fotográfico realizado en colaboración con Amelia Morimoto y Oscar Chambi