Frei Luís de Sousa é o nome religioso de Manuel de Sousa Coutinho, português que em 1600 ocupava o posto de capitão-mor de Almada e que se julga ter habitado no Bacelo, a sua propriedade situada no Pragal. O enredo, inspirado na vida do escritor seiscentista Frei Luís de Sousa, de seu nome secular D. Manuel de Sousa Coutinho, tem como pano de fundo a resistência à dominação filipina. D. João de Portugal foi dado como morto na batalha de Alcácer Quibir. Passaram-se sete anos e D. Madalena de Vilhena casa com D. Manuel de Sousa Coutinho, de quem tem uma filha, Maria, formando um lar virtuoso e feliz. A sua existência só é perturbada pelos tristes pressentimentos da frágil e sensível Maria e de Telmo, o velho aio, que continua à espera do regresso de D. João. Este aparece, disfarçado de romeiro, e dá a conhecer a sua verdadeira identidade. o desfecho é trágico: Maria morre na igreja, no preciso momento em que os seus pais professam.