Plants have taken over the planet. In 2017, the vegetation in Tokyo rose up and toppled human society in moments. The few survivors are forced to live in the relative safety of a subway network, but supplies are running low. Join an average high school student named Akira as he challenges the plants in a struggle for survival!

Tokyo est entièrement contrôlée par les plantes. Déterminé à se battre pour tenir la promesse qu’il a faite à Yui, Akira décide de retourner à la surface en compagnie d’Eudyptes pour aller chercher des armes. Accompagnés d’un petit groupe de survivants, ils profitent du fait que les plantes géantes ne sont pas actives la nuit pour se mettre en route… Mais un terrible danger les guette !

謎の巨大樹が放つ“死の花粉”による感染で、パニックに陥った練馬駅。“できそこないの新人類”へと変貌した感染者が次々とユイ達に襲いかかる！　人々の猜疑心を煽り、ユイを狙う龍康殿の思惑…。絶体絶命の時、ユイの前に現れたのは──!?　アキラとユイの物語が交錯する、新展開!!

“死の花粉”に感染した仲間を救うため、ワクチンの素材を探して、巨大樹へと辿り着いたユイ達。植物が動き出す日の出まで、あと2時間──。最奥の“繭”へと急ぐが、“ウィッカーマン”が行く手を阻む！　そして、決死の前進を続けるユイ達の背後には、さらなる脅威が忍び寄っていた…!!