Le Premier Continent est en danger. Le président Tibérius, nouvellement réélu, a mis au point un plan lui permettant de voler les plus puissantes et dangereuses technologies de l'Agence. Quant à l'Agent Jean, il est victime d'un accident dans le laboratoire d'Henry et se retrouve rapetissé à l'échelle moléculaire. Par chance, il se lie d'amitié avec une espèce de nanorobots vivant dans les murs de l'édifice A... Ensemble, ils tenteront de contrecarrer les plans du président.

On aura tout vu! Farine, le criminel bien connu de l'Agence, est maintenant... agent secret! Malgré toute sa bonne volonté et son amitié avec l'Agent Jean, aura-t-il autant de mal à être gentil qu'il en avait à être méchant? Quant à Martha, est-elle vraiment une supervilaine déguisée, comme le croient Henry et Julien-Christophe? Dans un monde où rien n'est tout noir ou tout blanc, certains membres de l'Agence devront faire face à la gravité de leurs actes...

Un mal mystérieux menace l'Agent Jean d'une désintégration totale. Même Eva, programmée pour soigner n'importe quelle maladie, ne trouve pas de remède. Maintenant qu'Henry a regagné le monde normal, vers qui Martha et ses agents devront-ils se tourner pour sauver Jean? Et si le seul qui pouvait les aider était aussi… leur pire ennemi?