La storia di MARMALADE BOY è quella di due liceali, Miki Koishikawa e Yu Matsura, che si sono innamorati l'uno dell'altra poco tempo dopo essere diventati fratellastri - i rispettivi genitori, infatti, hanno deciso di sposarsi con i partner con cui stavano prima del matrimonio e di andare a vivere tutti insieme in un'unica grande casa. Il "ragazzo marmellata d'arancia" dal carattere dolceamaro è proprio Yu, il quale, anche per via del vorticoso scambio di coppie di cui sopra, continua a essere convinto di essere nato da una relazione prematrimoniale della madre Chiyako con il suo attuale compagno, nonché padre di Miki. Per questo motivo, il giovane si è allontanato bruscamente da Miki andando a studiare in un'altra città e mentendole spudoratamente per cercare di tagliare quella che lui crede una storia d'amore tra fratelli di sangue... Ma MARMALADE BOY non parla solo della storia d'amore tra Miki e Yu: ci sono anche le passioni dei loro migliori amici. Meiko Akizuki, per esempio, dopo aver vinto un concorso scolastico come romanziera, ha deciso di raggiungere a Hiroshima il suo amore perduto: il professor Shinichi "Nacchan" Namura, scacciato dalla scuola proprio per la sua relazione con la liceale. E ai due sta per capitare qualcosa di bellissimo...