MARMALADE BOY narra le vicende amorose e familiari di Miki Koishikawa e dei suoi amici. All'inizio della storia, i genitori hanno comunicato a Miki di voler divorziare per rimettersi con i partner con cui stavano prima del matrimonio, per poi convivere tutti insieme in un'unica casa. Questo scambio di coppie in piena regola ha portato nella vita della ragazzino un fratellastro: Yu MatsuraGinta Suo, che anni fa parve rifiutarla dopo una difficile dichiarazione per lettera e che adesso, per riconquistarla, la fa ingelosire... uscendo con l'ex di Yu, Arimi Suzuki. Dal canto suo, Arimi... è di nuovo interessata a Yu, dal quale anni fa fu rifiutata dopo una breve relazione. Grazie ai consigli e all'amicizia di Meiko Akizuki (che ha una relazione segreta con il suo professore, Nacchan), Miki si sta sforzando faticosamente di prendere una decisione su quale sarà l'uomo della sua vita e di accettare il divorzio dei suoi. Il fatto che ora i quattro genitori siano partiti per una vacanza alle Hawai'i lasciandola solo con Yu potrebbe condurre il suo dilemma ad un'ovvia conclusione...