En medio de toda la contaminación existente en la ciudad, un extraño ser aparece y los agentes deberán acabar con él. La contaminación en la ciudad cada día es mayor. Hay suciedad, microbios, bacilos, etc. Tal es el punto de contaminación que, de repente y sin previo aviso, surge un bacilo de proporciones impensables, «El Bacilón». Este bacilo, algo así como El Yeti de la contaminación, asusta a la gente de la ciudad y Mortadelo y Filemón deberán encontrarlo y acabar con él.