Née en Inde dans une famille aisée, Mary Lennox devient orpheline à 10 ans. Son oncle la recueille dans son manoir du Yorkshire, au milieu de la campagne anglaise. La petite fille y fait la rencontre de Colin, son cousin à la santé fragile. Ils explorent ensemble le domaine et découvrent un jardin secret aux propriétés magiques.

Après la mort de ses parents aux Indes, Mary est recueillie par son oncle toujours absent. Dans un sombre et étrange manoir perdu sur la lande anglaise. C'est là que Mary découvre les indispensables bonheurs que procurent l'amitié et la nature gràce à un mystérieux jardin secret. Une histoire en deux albums.