Kurô recibe la misión de infiltrarse en el instituto Kôdan y debe presentarse al examen de ingreso. Sin embargo, al cabo de un rato recibe la nueva orden de dar caza urgentemente a un terrorista extranjero cuyo fin parece ser cercenar penes ajenos. Este terrorista acaba enfrentándose a Gen Sasama, un capitán ninja de primera, y, tras terminar malherido, decide huir y esconderse en un templo sintoísta… ¿Lograrán darle caza nuestros ninja?