Kazuki Takahashi presenta Yu-Gi-Oh! Desde su descubrimiento a inicios de este siglo, nadie había podido completar el Rompecabezas del Milenio. Cuando Yugi, un joven que recibe maltrato en la escuela por parte de sus compañeros, lo resuelve, muestra de repente una personalidad diferente y se convierte en el amo de los juegos. ¡Y así comienzan los Juegos de las Sombras, donde se juzga el mal que prevalece en este mundo! La primera página de este volumen incluye una ilustración de las Cartas de tarot de Yu-Gi-Oh!. (No pertenece a Yu-Gi-Oh! OCG Duel Monsters). Se incluye un epílogo del autor y una explicación sobre el tarot.

Una exhibición de una excavación egipcia llega a Ciudad Domino, y Yugi y sus amigos van a verla. Shadi, un egipcio que resguarda las tumbas de los faraones, llega para castigar a los "profanadores", pero se encuentra con Yugi y le intriga su poder del Rompecabezas del Milenio. Shadi le pone trampas y pruebas con los Artículos del Milenio que posee a Yugi, usando a sus amigos como carnada, pero al final Yami Yugi logra derrotarlo y salvar a sus amigos. Shadi se va en paz, pero promete a Yugi volverlo a ver. Y así el Instituto Domino vuelve a la normalidad y Yami Yugi continúa ayudando a sus amigos con los Juegos de las Sombras.

Saat kalah dalam duel melawan Pegasus, pencipta Magic & Wizard, Yugi harus kehilangan roh kakeknya. Untuk menolong sang kakek, Yugi dan teman-teman berangkat menuju Duelist of Kingdom untuk mengikuti turnamen yang diadakan Pegasus. Dalam turnamen ini, setiap duelist bertarung demi star chip, yang juga menjadi ‘nyawa’ mereka. Yugi dan Jounouchi berjuang sungguh-sungguh agar bisa menambah star chip mereka dan meraih tiket untuk mencapai istana Pegasus. Tapi, itu sama sekali bukan perjalanan yang mudah.