Saat kalah dalam duel melawan Pegasus, pencipta Magic & Wizard, Yugi harus kehilangan roh kakeknya. Untuk menolong sang kakek, Yugi dan teman-teman berangkat menuju Duelist of Kingdom untuk mengikuti turnamen yang diadakan Pegasus. Dalam turnamen ini, setiap duelist bertarung demi star chip, yang juga menjadi ‘nyawa’ mereka. Yugi dan Jounouchi berjuang sungguh-sungguh agar bisa menambah star chip mereka dan meraih tiket untuk mencapai istana Pegasus. Tapi, itu sama sekali bukan perjalanan yang mudah.