A história de dois alquimistas à procura da pedra filosofal. Resumido assim, o enredo pareceria bem trivial… Mas em Fullmetal Alchemist nem tudo é o que parece ser, a começar por esta definição da busca dos irmãos Elric. Neste primeiro volume conhecemos Alphonse e Edward Elric, dois alquimistas que chegam a uma cidade profundamente devota ao seu Deus e àquele que divulga sua fé, o Pai Cornello. Este religioso tem praticado atos milagrosos que se parecem muito com transmutações alquímicas, e investigando a origem de tais milagres eles conhecem Rose, uma garota que busca na religião a esperança de rever seu amado. Assim se inicia a jornada que desafiará os limites da fé e da ciência.

Os irmãos Elric chegam a uma cidade cuja economia é dependente da mineração, mas Ed não é muito bem recebido quando descobrem que ele é um Alquimista do Estado. Ao seu próprio modo ele irá negociar com o administrador das minas, o primeiro-tenente autoritário e ganancioso que, ao contrário dos habitantes da cidade, recebe-o com toda a pompa. Mais tarde, no trem de volta, Ed e Al precisam lidar com os grandalhões de um grupo extremista que seqüestraram um oficial do exército. Opa, peraí Ed! Eles é que são grandalhões, ninguém aqui te chamou de baixinho!!!

O Coronel Mustang apresenta Ed e Al a um alquimista especializado na transmutação de quimeras falantes, e os garotos aproveitam para se enfurnar na biblioteca dele em busca de alguma forma de recuperar os seus corpos. Apenas a pequena Nina, adorável filha do anfitrião, consegue tirá-los do estudo para alguns breves momentos de diversão. Mas os momentos de alegria duram pouco, porque os irmãos Elric descobrem uma verdade fria entre as pesquisas do mestre das quimeras.

Depois do encontro com Doutor Marcoh, Ed e Al finalmente voltam a Resembool acompanhados de Louis Armstrong. O Alquimista dos Braços Poderosos conhece um pouco mais sobre os irmãos Elric através da única família que resta aos garotos, a última ligação entre seu presente e seu passado… Os garotos estão ansiosos por saber mais sobre as pesquisas do Doutor Marcoh, mas um misterioso acidente na biblioteca os impede. Por sorte, eles contarão com a ajuda de uma moça que é praticamente uma traça de livros!

A situação de Ed ficou complicada no quinto laboratório, que deveria estar abandonado. Sua chegada não era prevista por aqueles que utilizavam o local para experiências com a pedra filosofal. Quem serão essas pessoas misteriosas? Chamada para consertar novamente o braço mecânico do Alquimista de Aço, Winry acaba conhecendo a família de um pai coruja incorrigível, o tenente-coronel Hughes. Al, por sua vez, enfrenta os temores surgidos na luta contra o açougueiro Barry, que o fez duvidar de sua própria existência como ser humano…

Ed e Al reencontraram sua mestra depois de muitos anos. Enquanto estão em treinamento, Al o lembra da entrega do relatório anual. Ed, então, deixa a casa da mestra para fazê-lo. Al é levado a encontrar um grupo de pessoas não muito amigáveis. Inclusive, um deles tem tatuagem de ouroborus.

Ed termina o relatório e volta para Dublin. Só para ter a notícia que haviam seqüestrado Al. Ele vai atrás do irmão sozinho, mas é seguido pelo Major Armstrong e King Bradley. Ed encontra Ganância e descobre o quão dura é sua proteção… e uma forma de enfrentá-lo. O Major e o Füher tiram os irmãos do “Devil’s Nest” e Ganância descobre não ser o único a ter uma tatuagem especial.

King Bradley não só captura Ganância, como também extermina seus capangas. Inclusive a garota que estava escondida dentro da armadura de Al. Este fato faz com que o garoto se lembre dos momentos vividos no em dia que os irmãos tentaram fazer a transmutação proibida. Roy Mustang interroga a armadura com a alma de Bary, o açougueiro, e descobre detalhes sobre as operações militares escusas e o que realmente acontecia na prisão. E mais um homúnculo aparece, juntamente com o pai de todos eles

Ao ver o desaparecimento do irmão, Al arma um plano e engana Gula. Contudo o herói, sem saber, é seguido por May Chang e Scar, que procuram por Xaiomei. O Coronel Mustang continua cara a cara com o poderoso King Bradley, que revela como se tornou Führer. Dentro de Gula, Ed e Ling ainda enfrentam Inveja, enquanto tentam bolar uma maneira de escapar.

Na tentativa de trazer a mãe falecida de volta à vida, os irmãos Edward e Alphonse Elric tentaram quebrar o maior tabu da alquimia: a transmutação humana. Mas tudo deu errado, e os garotos tiveram de pagar um alto preço para escapar com vida - Ed perdeu sua perna esquerda e Al seu corpo inteiro. Para ao menos fixar a alma de seu irmão mais novo a uma armadura, Edward ainda teve de sacrificar o seu braço direito. Agora usando próteses mecânicas no lugar dos membros perdidos, Ed segue ao lado de Alphonse vivendo perigosas aventuras enquanto os dois buscam uma maneira de reaver tudo o que perderam...

Os soldados de Briggs escoltam Wiry até sua casa e nessa ocasião acabam se deparando com o bando de Ling Yao. Depois de arrumar seu automail Edward decide partir rumo à cidade central para encontrar com seu pai. Mas chegando lá o alquimista de aço não esperava por uma armadilha preparada pelos homúnculos para ele e Ganância que poderá por em risco a confiança dos irmãos Elric.

Unindo forças. Alphonse não é páreo contra Orgulho e Kimbley juntos. Será necessário mais do que determinação para o irmão do alquimista de aço enfrentar esses dois poderosos inimigos sozinho. Enquanto isso o General Armstrong luta contra Preguiça no prédio.

Finalmente a mestra de Edward e Alphonse Izumi Curtis aparece para dar uma mãozinha aos irmãos Armstrong na luta contra o Preguiça. Enquanto isso Hohenheim tem um encontro com o Pai dos Homúnculos no subterrâneo da cidade central.

As coisas começam a esquentar na Cidade Central com o retorno do führer King Bradley. Agora Ira e Ganância se enfrentam no quartel-general numa agitada batalha que poderá resultar em grandes perdas. Já nas galerias subterrâneas Ed Scar Mustang e sua subordinada se deparam com uma estranha e desconhecida figura?

No volume final os irmãos Elric e seus companheiros estão prestes a encerrar sua jornada em busca daquilo que perderam. Diante da Porta da Verdade o Alquimista de Aço irá pagar um preço alto para abri-la e trazer seu irmão de volta\[…\]