Veniva da una famiglia di ardenti ideali risorgimentali: nel 1860, quando aveva solo 3 anni, sua madre, alla notizia dell'imminente arrivo dei Mille guidati da Garibaldi, fece indossare a tutti la camicia rossa: l'intera famiglia venne arrestata dalle guardie borboniche e portata nella prigione palermitana della Vicaria. A 17 anni Natoli iniziò a scrivere per i giornali, quindi lavorò come professore di storia in vari licei italiani: pubblicò anche una Storia di Sicilia.