Un misterioso hacker sta gettando Paperopoli nel panico e Paperinik decide di indagare: Uno gli mette a disposizione la Sala di Interfaccia Immersiva Totale, al fine di ispezionare la realtà virtuale. In questo non-luogo, l'hacker cercato riesce ad attaccare Paperinik, colpendolo duramente dopo aver immobilizzato digitalmente Uno. Intanto, Everett Ducklair sta facendo ritorno in incognito a Paperopoli dopo aver passato anni rinchiuso nell'eremo himalayano di Dhasam-Bul a causa di un malfunzionamento alla Ducklair Tower. Uno fa il possibile per impedire che Ducklair s'incroci con PK, temendo la reazione del suo creatore qualora avesse scoperto che aveva rivelato i suoi segreti al papero mascherato, un comportamento che però insospettisce entrambi. PK ipotizza addirittura che il misterioso hacker sia proprio Uno e, spaventato, lo disattiva. Ma il vero hacker è Due, il backup di Uno, reso malvagio da anni di inattività. PK tenta di disattivare Due, ma viene catturato e rinchiuso in una cella segreta. A comparire all'improvviso ora è proprio Ducklair, che lo disattiva con una sequenza vocale, «CII 2 # RD EHMET/ERASE RUN», completata da PK quando Ducklair viene zittito da Due. I tre si chiariscono, e Ducklair inizia il suo percorso di ritorno a Dhasam-Bul, affidando la DT a PK e all'"amico" Uno.

Ducklas Styvesant, funzionario del ministero dello spaziotempo, chiede a Pk di raggiungere il XXIII secolo per combattere una nuova minaccia, i super-evroniani, mutazione dei evroniani dopo la loro totale sconfitta da parte dell'eroe. Ad aiutarlo, Pk trova il colonnello Mansur, quasi una celebrità del suo tempo, e viene assistito dalla droide Geena, dal design simile a quello di Lyla, ma che Pk percepisce come "più servile" dell'amica. Paperinik affronta due pericolosi e strani scontri, tra cui uno inaspettato a Villa Eidolon, dimora del magnate e produttore di droidi Odin Eidolon, tra l'altro fan entusiasta di Pk, al quale consegna un particolare "sistema difensivo" da usare una sola volta, «quando la situazione precipiterà». I dubbi di Pk sul vero ruolo di Mansur e Styvesant vengono confermati quando scopre che in realtà il primo è il noto attore Burton la Valle, mentre il secondo è uno dei produttori e registi più in vista del XXIII secolo. Insieme, i due confessano la sceneggiata: in quell'epoca Pk è un eroe famoso (soprattutto da quando ha salvato Paperopoli ed arrestato il Razziatore), e sulla sua popolarità è stata creata la serie televisiva Ritratto dell'eroe da giovane, che sarebbe culminata in una puntata speciale, con la presenza del vero Paperinik. Riluttante ad accettare, Pk gira un'ultima "scena madre" solo per scoprire il responsabile degli incidenti e sabotaggi che hanno attentato alla sua vita. Il giorno delle riprese, Pk rischia di essere travolto da un carro armato guidato da un la Valle semi-coolflame, ma interviene il vero Pk (il primo era solo un droide di Eidolon), ed il nemico si rivela: Gordon, assistente di Styvesant, è in realtà Grrodon, ultimo guerriero imperiale di Evron rimasto in esilio sulla Terra in attesa dell'occasione per pareggiare i conti. L'alieno usa la sua evron-gun prima contro Pk, il quale sfodera prontamente il congegno datogli da Eidolon, e poi sullo stesso magnate, che si dimostra refrattario al raggio. Disperato, il vecchio evroniano fugge senza speranze verso l'atmosfera a bordo di una vettura non pressurizzata. Tornato al suo tempo, Pk racconta ad Uno la sua storia, e mentre l'eroe si allontana poiché distrutto dalla stanchezza, analizzando l'arma di Eidolon l'IA realizza il paradosso in cui ciò che salverà la vita a Pk nel futuro gli è stata appena consegnandola dallo stesso eroe; intanto, tra sé e sé, Uno si domanda la ragione per cui in futuro si chiamerà Odin, cioè "Uno" in lingua russa.

Vigilia di Natale. L'esercito evroniano invade Bravestone, piccola cittadina nei dintorni di Paperopoli. Una richiesta d'aiuto, inviata via e-mail, viene intercettata da Uno, il quale rintraccia Paperino, alle prese con l'acquisto degli ultimi regali. Nel frattempo, nella redazione di 00 News, Angus Fangus e Mike M. Morrighan stanno litigando: appena il primo si allontana, Morrighan fruga nella sua scrivania, trovando un dossier riguardante un potenziale scoop. Decide così di batterlo sul tempo e, accompagnato da Camera 9, arriva a casa di Norman Bates Russel (in realtà Fangus aveva lasciato lì apposta il documento perché Mike lo trovasse, in modo da levarsi di torno il collega). Intanto, Westcock è subentrato al posto del generale Wisecube, e l'esercito si prepara a contrastare l'invasione aliena. Paperinik, giunto sul posto, affronta alcuni evroniani, ed incontra Marjorie, la giovane che aveva inviato la richiesta d'aiuto. Morrighan e Camera 9 non trovano Russel a casa, ma seguendo il suo cane Buck, irrequieto, arrivano alla cittadina, dove Camera 9 riesce a fare alcune riprese. Intanto l'invasione avanza: gli Evroniani hanno l'ordine di non ridurre gli abitanti di Bravestone a coolflame, ma di rapirli per non meglio specificati "esperimenti". Interviene l'esercito, e Westcock si trova faccia a faccia con Zondag. Dopo qualche istante Zondag dichiara l'invasione semplicemente una "prova generale", e ordina il rientro. I militari invece spiegano ai cittadini di Bravestone che si era trattata semplicemente di un'esercitazione, e che tutti i danni saranno ripagati. Al momento di mostrare alla redazione le riprese di Camera 9 e Morrighan, la cassetta misteriosamente presenta invece un cartone animato.

Angus Fangus, indagando sulla misteriosa sparizione di Everett Ducklair, riesce a penetrare nei sotterranei della Ducklair Tower, dove inavvertitamente provoca un guasto che isola Uno da oltre metà della torre. Paperino, indossati i panni di Paperinik, scende per cercare il guasto. Nel frattempo, Angus incontra una subroutine che, priva del controllo di Uno, obbedisce ai suoi ordini e gli organizza un "tour" dei sotterranei. Premendo pulsanti a caso, Angus causa un sovraccarico energetico: Pk in quel momento sta passando proprio vicino ad una sottostazione e rischia di essere schiacciato da un enorme dissipatore, ma un misterioso personaggio in impermeabile lo salva. Lo sconosciuto, dal volto seminascosto sotto il cappello, si presenta come Stephan Vladuck, ma solo più tardi Pk capirà che è colui che già conosce come Camera 9. Il passato di Vladuck come reporter di guerra emerge in alcuni brevissimi flashback in bianco e nero: il cameraman dimostra doti di prontezza e agilità non comuni, e aiuta Pk a superare gli ostacoli che i due incontrano nei sotterranei. Intanto, Angus ha scoperto le incredibili macchine da guerra di Ducklair, alcune delle quali assomigliano ai marchingegni usati da Pk: il giornalista si convince che Paperinik sia Everett travestito e che miri alla conquista di Paperopoli. Involontariamente attiva i droni di sorveglianza, piccoli robot fluttuanti che sparano scariche elettriche, i quali si diffondono nei sotterranei attaccando anche Pk e Stephan. Quest'ultimo recupera lo scudo Extransformer e, guidato da Uno, va a riparare il guasto, ormai vicinissimo, mentre Paperinik tiene impegnati i droni. Ma sono troppi, l'eroe sta per soccombere, quando all'improvviso arriva Fangus, impadronitosi di un mecha a forma di centauro, e lo salva distruggendo i droni. Angus è pronto a divulgare a tutto il mondo i segreti di Pk ma grazie ad un trucco olografico di Uno l'eroe riesce a ingannare il giornalista per poi cancellargli la memoria grazie alle caramelle "car-can" di Archimede.

Lyla e Paperino sono a cena in un ristorante, quando improvvisamente fa irruzione una banda di rapinatori armati fino ai denti, e Paperino si "trasforma" in Pk per affrontarli. Durante la lotta, gli strumenti di Lyla rilevano una misteriosa tempesta tachionica, che trasporta lei e Pk in una dimensione parallela. I due si ritrovano nella Terra di Shemel, uno strano mondo fantasy con tratti fantascientifici. I cyberelfi (o eldar), la razza che domina Shemel, scambiano Lyla e Pk per spie nemiche e li arrestano, ma in loro soccorso arriva un gruppo di tecnorchetti che li aiuta a fuggire. Questi, guidati dal loro re Olog, sono dei ribelli che si oppongono al dominio dei cyberelfi: Lyla e Pk decidono di allearsi con loro quando apprendono che il re dei cyberelfi, chiamato "l'Antico", possiede la Coppa di Luce (chiamata anche "Coppo del Destino" o "Tintura del Mondo"), un talismano che secondo la leggenda permetterebbe di viaggiare nello spazio, nel tempo e negli universi paralleli. Arrivati a Dol Arador, capitale di Shemel, i tecnorchetti lanciano il loro attacco contro i cyberelfi, mentre Lyla e Pk penetrano nel palazzo reale alla ricerca della Coppa di Luce. Qui scoprono che l'Antico in realtà è il Razziatore, ormai invecchiato, che racconta loro di come abbia rubato la Coppa di Luce per conto dell' Organizzazione decidendo in seguito di tenerla per sé. Grazie al suo potere, il Razziatore ha unificato la Terra di Shemel, un tempo divisa in regni sempre in guerra, rendendola felice e pacifica. Pk si rende conto che, a parte qualche fanatico come Olog (il cui esercito nel frattempo è stato facilmente sconfitto dai cyberelfi), il popolo ama l'Antico e lo considera un sovrano buono e non un tiranno. A questo punto però si scopre che il droide che ha viaggiato con Pk non è Lyla ma FH451, un robot-killer inviato dall'Organizzazione per recuperare la preziosa Coppa e giustiziare il Razziatore, colpevole di tradimento. Pk abbatte il droide, salvando così il suo vecchio amico-nemico. L'Antico usa poi la Coppa per rispedire il papero mascherato nel suo mondo, dopo essersi congedato con la sibillina frase «Sono solo uno dei tanti Razziatori possibili». Di ritorno a Paperopoli, Pk nota che i molti giorni trascorsi a Shemel corrispondono a poche ore sulla Terra, e con estrema facilità sconfigge i rapinatori, che nel frattempo l'intelligenza artificiale Uno ha tenuto a bada con i suoi trucchi, e li consegna alla PBI.

Due anni dopo l'attacco evroniano che pareva averlo cancellato, Due è invece ormai padrone dei sistemi informatici alieni, e decide di simulare l'esistenza di un'armata terrestre guidata da Paperinik, al fine di spingere gli evroniani ad attaccare Paperopoli. L'elaboratore mette a punto un'arma ad impulsi elettromagnetici per liberarsi definitivamente di Uno, e per evitare che possa salvarsi "ritrasmettendosi" altrove (come lo stesso Due aveva fatto in passato) sfrutta i guastatori imperiali per creare un blocco informatico della città. Per riuscire nel suo piano è costretto a sfruttare le immagini dei vari generali per convincere le loro truppe ad eseguire i suoi ordini, ma ben presto il suo complotto viene scoperto grazie all'intervento di Uno, infiltratosi a sua volta nei sistemi informatici evroniani dopo aver eluso il blocco. Il sommo Zotnam decide di eliminarlo a causa della distruzione della flotta, causata dall'impulso elettromagnetico della sua arma (ancora una volta modificato da Uno). È vano il tentativo di salvarsi con una navetta piena di banchi di memoria, che viene distrutta appena partita grazie ai cannoni degli evroniani, anche se la navetta precedentemente utilizzata da Uno (e quindi anch'essa carica di memorie) si allontana...

Rosto Gramash, incallito rapinatore e trafficante d'armi, evade dal carcere di Sawshank insieme ai suoi complici, Lotar e Reo, un giovane cracker. Durante la fuga per le fogne, vengono sorpresi da un'ondata, e Rosto viene trascinato via nelle profondità più oscure della rete fognaria. Otto mesi dopo, il supereroe Paperinik indaga su una rapina avvenuta alla banca Countybank: dopo uno strano caos generato dalla manomissione dei semafori, il caveau è sprofondato nel sottosuolo; lo stesso capita poi ad un'intera gioielleria. Secondo Uno gli "sprofondamenti" sono stati causati da fughe di gas pilotate, mentre il caos ai semafori è stato provocato dalla manomissione di cavi telematici sotterranei. L'autore dei misfatti è dunque qualcuno che ha grande familiarità con il sottosuolo; proprio da lì emergono, e penetrano nella Ducklair Tower, Rosto e i suoi compagni: il leader criminale è rimasto profondamente turbato dagli otto mesi trascorsi "al buio tra i topi", e vuole vendicarsi di Angus Fangus, che con una sua inchiesta lo aveva fatto finire in prigione. I tre prendono Fangus, e lo legano un tubo, condannandolo alla morte, quindi fuggono. Nel frattempo Pk, in spedizione nel sottosuolo, entra in contatto con gli abitanti dell'"Undersito", un bizzarro gruppo di persone che hanno scelto di vivere nelle fogne guidati da un misterioso personaggio di nome Esteban. Mentre gli abitanti del sottosuolo catturano Rosto, oramai completamente impazzito, Pk trae in salvo il giornalista.

(In seguito agli avvenimenti narrati in Carpe Diem) Paperinik viene arrestato dalla Tempolizia e portato a Time Ø, dove gli viene assegnato l'avvocato d'ufficio Eugene Photomas. Grazie alle molte attenuanti, si decide che Pk non debba passare il resto della vita in una cella cronostatica, ma che gli venga solo cancellata la parte di memoria riguardante l'Organizzazione, la Tempolizia e Lyla Lay; al suo rifiuto, il Cronocomandante lo rinchiude in una cella finché non cambierà idea. Durante la permanenza in cella di Pk, il Razziatore arriva a Time Ø, inserisce una bomba collegata ai suoi circuiti vitali nel "fulcro d'ingaggio" (il punto a cui Time Ø è ancorata) e ricatta il Cronocomandante chiedendo la liberazione dei membri dell'Organizzazione prigionieri. Il Cronocomandante non ha scelta e libera cinque dei più pericolosi criminali dell'Organizzazione: Sledge, McCabe, Rage, Wells e Nash, ingegnere dell'Organizzazione. Nonostante il parere contrario del Razziatore, la tempolizia libera anche Kronin, l'ex-Razziatore che era stato tradito dall'attuale Razziatore e che da dieci anni è richiuso in una capsula cronostatica. Subito dopo essere stato risvegliato, Kronin spara al Razziatore; le sue funzioni vitali si fermano per una frazione di secondo, quanto basta per fare esplodere la bomba e mandare Time Ø alla deriva. Per creare un diversivo che distragga la Tempolizia, Kronin fa aprire le celle, nelle quali è però detenuto il solo Pk. Il Razziatore lo descrive come «un criminale pericoloso che è meglio non portarsi dietro» per convincere Kronin a farlo venire con loro, e Pk sta al gioco. Raggiunta la sala di comando, Nash progetta di creare un buco nero di modeste dimensioni, in modo da far tornare indietro la stazione. Per avere un timer per la bomba, Kronin strappa l'acceleratore tachionico dalla corazza del Razziatore, meccanismo che però regola tutte le funzioni vitali del Razziatore. Kronin fugge poi su una navicella, ritenedo infattibile quel piano; Nash, che si rivela essere il progettista di Time Ø, coordina le operazioni per lanciare un cavo che possa fermare la stazione, ma questi s'impiglia; allora il Razziatore, che senza acceleratore tachionico avrebbe avuto vita breve, decide di sacrificarsi per la salvezza di tutti gli altri. Una volta salvi, Paperinik viene rilasciato, ed il Cronocomandante rassegna le dimissioni.

Paperino si ritrova naufrago in un piccolo villaggio di pescatori in Nuova Zelanda, ma non ricorda chi è e neppure perché è finito così lontano da casa. I pescatori sono in rivolta contro una nave di ricerca sottomarina, colpevole, secondo loro, di aver risvegliato dalle profondità marine il leggendario Davy Jones. Piano piano i ricordi riafforano. Paperino ricorderà di essere Paperinik e incontrerà, in modo ravvicinato il mostruoso Davy Jones, che non è altro che una vittima dei malsani esperimenti della Repubblica di Belgravia, nelle profondità marine. Così come Paperino ha ritroverà i suoi ricordi, anche Davy Jones troverà, con l'aiuto delle balene, la pace interiore e l'armonia con la Natura.

La storia dell'origine di Odin Eidolon ed anche l'ultimo capitolo della sottotrama di Due. Questo numero sembra essere configurato come l'ultimo della serie PKNA. Il seguente doppio numero 49/50 infatti modifica completamente la trama per fare da ponte alla nuova serie PK2.